Nei luoghi più remoti del mondo esiste ancora la magia, incarnata dagli spiriti della terra, del cielo e di ogni cosa naturale. Man mano che le grandi potenze europee estendono i loro imperi coloniali, è inevitabile che rivendichino un luogo in cui gli spiriti hanno ancora potere e, quando lo fanno, la terra stessa si ribella insieme agli isolani che la abitano.
Spirit Island è un gioco cooperativo complesso e tematico che consiste nel difendere la propria isola dagli invasori colonizzatori. I giocatori sono diversi spiriti della terra, ognuno con i propri poteri elementali. A ogni turno, i giocatori scelgono simultaneamente quale carta potere giocare, pagando energia per farlo. L'uso di combinazioni di carte potere che corrispondono alle affinità elementali di uno spirito può garantire effetti bonus gratuiti. I poteri più veloci hanno effetto immediatamente, prima che gli Invasori si diffondano e devastino, ma altre magie sono più lente e richiedono una riflessione e una pianificazione per essere utilizzate in modo efficace. Nella fase Spirito, gli spiriti guadagnano energia e scelgono come o se crescere: per recuperare le carte potere usate, per cercare nuovi poteri o per diffondere la presenza in nuove aree dell'isola.
Gli Invasori si espandono sulla mappa dell'isola in modo semi-prevedibile. Ogni turno esplorano alcune terre (porzioni dell'isola); il turno successivo costruiscono in quelle terre, formando insediamenti e città. Il turno successivo, devastano il territorio, portando la peste e attaccando gli isolani nativi presenti. Gli isolani combattono contro gli Invasori quando vengono attaccati e prestano agli Spiriti qualche altro aiuto, ma non sempre lo fanno esattamente come sperato. Alcuni Poteri operano attraverso gli isolani, aiutandoli (ad esempio) a scacciare gli Invasori o a ripulire la terra dalla peste.
Il gioco si intensifica: gli Spiriti diffondono la loro presenza in nuove zone dell'isola e cercano nuovi e più potenti poteri, mentre gli Invasori intensificano i loro sforzi di colonizzazione. Ogni turno rappresenta 1-3 anni di storia alternativa. All'inizio del gioco, per vincere è necessario distruggere fino all'ultimo insediamento e città sul tabellone, ma man mano che si spaventano gli Invasori, la vittoria diventa più facile: scapperanno anche se rimane un certo numero di insediamenti o città. La sconfitta arriva se uno spirito viene distrutto, se l'isola viene invasa dalla peste o se il mazzo degli Invasori viene esaurito prima di raggiungere la vittoria.
Il gioco prevede diversi avversari contro cui combattere (ad esempio, una colonia mineraria svedese o una colonia britannica remota). Ognuno di essi modifica il gioco in modo diverso e offre un diverso percorso di potenziamenti della difficoltà per mantenere il gioco stimolante man mano che si acquisisce abilità.